CARA MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO
Avogadro adalah software kimia gratis, open source,
tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang
dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan
molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro
yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode
sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus
dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan
yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
- Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
- Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
- Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded interpreter Python.
- Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
- Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
- Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
- Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
- Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )
Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang
cara menggunakan aplikasi avogadro.
Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan
muncul tampilan seperti dibawah ini.
Jika
Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background
tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang
Anda kehendaki
Hasilnya
:
Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah
klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.
Langkah selanjutnya adalah, pilih ball
and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar.
Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya
memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8
adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada
lembar kerja.
Sudut yang terbentuk pada gambar diatas
belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada
“Auto Optimization Settings” dan klik Start.
Hasilnya adalah:
Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah
kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka
pada setiap atom,. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types
Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van
der Waals Spheres”
Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan,
caranya adalah klik pada gambar:
Avogadro adalah software kimia gratis, open source,
tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang
dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan
molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro
yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode
sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus
dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan
yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
- Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
- Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
- Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded interpreter Python.
- Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
- Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
- Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
- Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
- Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Software ini adalah hasil proyek komunitas dengan
banyak kontributor, makanya disebut open source, siapapun boleh memberikan
umpan balik, melaporkan bug dan kode agar menjadi lebih baik.
Karena ukurannya yang sangat kecil dan tidak terlalu
memerlukan hardware dengan spek yang tinggi dan mahal maka sangat cocok
digunakan saat pelajaran kimia pada materi-materi tertentu, dapat digunakan
secara langsung di kelas. Tentu kita harus memahami berbagai seluk-beluknya.
Ini adalah alternatif pembelajaran yang mengajak siswa mengamati secara
langsung proses dan sifat kimia suatu zat.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar