Cara Menggunakan Aplikasi GDIS
GDIS (Graphical Display Interface
for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi,
display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam
pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:
- Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).
- Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.
- Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.
- Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.
- Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.
- Pola difraksi generasi dan merencanakan.
- Animasi multi-frame file.
- Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).
Berikut akan saya jelaskan beberapa
langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh
sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini.
langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.
Seperti biasa buka aplikasi GDIS,
dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :
Klik pada ikon new
model untuk membuat model baru
Pada kolom model pilih model : editing
Pada bagian label ketik nama atom
yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan
klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya
akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom
O.
Berikutnya untuk membuat ikatan
antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan
tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…
Pada aplikasi ini disediakan
beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk
memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada
bagian model seperti pada gambar berikut ini.
Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan
berubah-ubah sesuai pilihan anda.
Menggunakan
Tool Measurements
Dengan aplikasi GDIS kita dapat
melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut
ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikonmeasurements.
Klik pada
tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds,
Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka
padalabel list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.
Tool
Animation
Dengan tool animation ini kita dapat
merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul
bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun
video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation
Klik pada tab rendering,
beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan
isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan
terekam.
Selanjutnya untuk memutar kembali
hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada
bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan
diputar..
Sekian penjelasan saya mengenai
aplikasi GDIS ini, semoga bermanfaat J
sumber:
Tidak ada komentar:
Posting Komentar